フレックスタイム制でも残業代は出る、清算期間と時間外労働の正しい計算方法を社労士が解説

フレックスタイム

「フレックスで働いているから残業代はなし」と会社に言われた。そんな状況でどう対処すればよいか疑問に思っている方はいませんか。

フレックスタイム制を使っていても、残業代がゼロになるわけではありません。

この記事では、フレックスタイム制のしくみと、労働者が持っている権利を正確にお伝えします。

フレックスタイム制でも残業代が発生する仕組み、会社が個人単位でフレックスを適用できる条件、そして「フレックスを使いたい」と申請するときのポイントを順に説明します。

フレックスタイム制とはどんな制度?

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フレックスタイム制とは、毎日の始業・終業時刻を自分で決められる制度です。「何時に来て、何時に帰るか」を自分でコントロールできますが、好き勝手に働けるわけではありません。

📌 ポイント:フレックスタイム制を導入するには、就業規則への記載労使協定の締結、この2つが法律上必須です(労基法第32条の3)。口頭での「うちはフレックスです」は無効になる可能性があります。

労使協定には、対象となる従業員の範囲、清算期間(最長3か月まで設定可)、清算期間中の合計所定労働時間、1日の標準となる労働時間、そしてコアタイム・フレキシブルタイム(設ける場合のみ)の内容が定められます。なお、清算期間が1か月を超える場合、この協定は労働基準監督署への届出が必要です。あなたの会社の運用が適切かどうか、まず就業規則を確認してみましょう。

「自分もフレックスを使いたい」と申請できる?

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個人単位でのフレックス申請は、法律上認められています。「部署単位でしか適用できない」と言う会社もありますが、それは会社の都合です。個人を対象者として指定することは制度上まったく問題ありません。

✅ やること:フレックスを希望する場合は、まず上司か人事担当者に「申請したい」と伝えましょう。口頭だけでなく、メールや書面で意思を記録に残しておくと安心です。

ただし、1つ重要な前提があります。フレックスの適用には、本人が希望していることが必要です。会社が一方的に「あなたはフレックスで」と押しつけることはできません。逆に言えば、「フレックスは嫌だ、通常の勤務時間で働きたい」と断る権利もあなたにはあります。申請したのに却下された場合は、理由を書面で確認しましょう。

【実践メモ】

「フレックスを申請したい」と伝えた日時・相手・内容をメモしておきましょう。却下された場合も、「なぜダメなのか」を文書で残すよう依頼することが大切です。後から「そんな話はなかった」と言われないための備えになります。

フレックスでも残業代はちゃんと出る

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フレックスタイム制であっても、会社には労働時間を管理する義務があります。昭和63年3月14日付の厚生労働省通達(基発第150号)には「フレックスタイム制においても、使用者は各労働者の労働時間を把握する義務を負う」と明示されています。「フレックスだから時間管理しなくていい」は、法律に反した会社側の誤りです。

⚠️ 注意:「フレックスだから残業代は出ない」と言われても、それは誤りです。清算期間中の合計労働時間が所定時間を超えた分は、残業代として支払われなければなりません。

たとえば、清算期間が1か月・所定労働時間が月170時間の設定で、実際に180時間働いた場合、超過した10時間分は時間外労働です。割増賃金を支払う義務が会社にはあります。また、時間外労働の上限規制もフレックスタイム制に適用されます。原則として月45時間・年360時間という上限は変わりません。

【実践メモ】

毎日の出退勤時刻を自分でも記録しておきましょう。スマホのメモアプリや手帳で十分です。「出社:〇時〇分、退社:〇時〇分」という簡単なものでOKです。会社の記録との食い違いが生じたとき、自分の記録が有力な証拠になります。

同僚はOKで自分だけNG?不公平な運用に対抗する方法

同じ仕事をしているのに、フレックスが使える人と使えない人がいる場合があります。個人単位でフレックスを運用する場合、会社は選定基準を合理的に設ける必要があります。「なんとなく」や「上司の好み」という基準は、法的に問題になりえます。

📌 ポイント:フレックスを個人に適用するなら、労使協定に合理的な選定基準が定められているはずです。基準が不透明なら、内容の開示を会社に求める権利があります。

労使協定は、労働者が閲覧を申し出ることができる書類です。職場に労働組合があれば、組合に相談するのも有効な方法です。

✅ やること:人事担当者に「フレックスの対象者選定基準を教えてください」と伝えてみましょう。回答を書面でもらえると、後の対応がしやすくなります。

よくある疑問

フレックスタイム制を「使いたくない」と断ることはできますか?
はい、できます。フレックスタイム制は本人の希望があることが前提の制度です。「規則的な生活を続けたい」「毎朝決まった時間に来たい」という理由で断っても問題はありません。ただし、就業規則の定め方によって確認が必要なケースもあるため、人事担当者に相談しておくと安心です。
清算期間が終わったあと、残業代はいつ支払われますか?
清算期間が終了した後の直近の賃金支払日に、超過分がまとめて支払われるのが原則です。「先月のフレックス超過分がいつまでも支払われない」という場合は、会社に書面で確認しましょう。それでも支払われない場合は、労働基準監督署への相談も選択肢の一つです。
フレックスタイム制と「みなし労働時間制」は同じものですか?
まったく別の制度です。みなし労働時間制は、実際の労働時間にかかわらず「〇時間働いたとみなす」制度です。フレックスタイム制は、実際の労働時間をきちんと計測・管理したうえで、始業・終業の時刻を自由にできる制度です。「フレックスだから何時間働いても給与は同じ」という運用は、法律違反にあたります。
同僚はフレックスを使えるのに自分だけ断られました。どうすればいいですか?
個人単位でフレックスを適用する場合、会社は合理的な選定基準を設ける必要があります。基準が不透明なら、会社に内容の開示を求める権利があります。労使協定の閲覧を申し出るか、職場に労働組合があれば組合に相談することも有効です。

フレックスタイム制を使うときのチェックリスト

確認項目 チェック
就業規則にフレックスタイム制の規定がある
労使協定が締結されており、内容を確認できる
清算期間と所定労働時間が明示されている
毎日の出退勤時刻を自分でも記録している
清算期間終了後に超過分が賃金に反映されている
個人選定の基準が不明な場合、会社に説明を求めた

今日からできること

まず、会社の就業規則・労使協定でフレックスの規定を確認しましょう。就業規則には労基法第32条の3に基づく記載があるはずです。

次に、今日から毎日の始業・終業時刻を自分でも記録し始めましょう。会社の記録との食い違いが生じたとき、自分の記録が有力な証拠になります。

フレックスを希望・または運用に不満がある場合は、書面で意思を伝えましょう。口頭だけでなくメールや書面で記録を残すことが大切です。


まとめ

フレックスタイム制は始業・終業を自分で決められる制度ですが、導入には就業規則への記載と労使協定の締結が法律上必須です(労基法第32条の3)。個人単位での申請・指定は法律上認められており、フレックスでも会社は労働時間の管理義務を負います(昭63.3.14基発第150号)。清算期間の超過時間には残業代が発生し、選定基準が不透明なら会社に説明を求める権利があります。

正しい知識を持つことで、フレックスタイム制に関する問題を適切に確認することができます。疑問があれば就業規則・労使協定を確認したうえで、労働基準監督署や社労士に相談してください。

※本記事は執筆時点の法令・判例に基づいて作成しています。法律は改正されることがあります。最新の情報や個別のご事情については、社会保険労務士・弁護士などの専門家にご相談ください。

Photo by freestocks on Unsplash

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